STT Apollos Jakarta mempunyai 4 Program Studi:
- Program Studi Sarjana Teologi (S.Th)
- Program Studi Sarjana Pendidikan Agama Kristen (S.Pd)
- Programm Studi Magister Theologi (M.Th)
- Program Studi Magister Pendidikan Agama Kristen (M.Pd)
Visi dari masing-masing program studi berpedoman pada visi STT Apollos dengan menyelenggarakan pendidikan dan pengajaran di bidang program studi masing-masing sesuai peraturan perundang-undangan dan standar yang berlaku, mengembangkan penelitian di bidang program studi masing–masing secara kontekstual, melaksanakan pengabdian masyarakat, baik dalam gereja dan atau sekolah pada khususnya maupun masyarakat pada umumnya, yang dilandasi nilai- nilai kasih, kemanusian, dan kebersamaan.