Dalam menjalankan panggilan sebagai lembaga pendidikan teologi, STT Apollos berpegang pada nilai-nilai utama yang menjadi dasar dalam pembentukan iman, karakter, dan pelayanan setiap mahasiswa :

• Iman: Pengakuan akan Allah sebagai pusat kehidupan dan pelayanan
• Pengabdian: Wujud nyata iman dalam kehidupan sehari-hari
• Ilmu: Pemahaman yang berakar pada Firman Tuhan
• Pelayanan: Menjadi garam dan terang bagi masyarakat
• Berkat/Anugerah: Hidup sebagai saluran berkat bagi sesama