Sejarah Sekolah Tinggi Theologi Apollos berawal dari visi yang didapat oleh Pdt. R. J. Lumenta, S.Th., MBA; Pdt. Albert J. Lantang, M.Th. (Alm.); Ev. Alex Lumingkewas, BBA; Bpk. Bambang Irawan (Alm.); dan Fenti Tumangkeng (Alm.) pada tahun 1986 untuk mendirikan sebuah yayasan yang kemudian disebut Yayasan Apollos yang bercirikan interdenominasi. Sebagai orang-orang yang telah menerima anugerah keselamatan dari Allah, mereka menyadari bahwa tantangan dalam pekerjaan pelayanan penginjilan, pendidikan, dan penggembalaan semakin besar. Anggota gereja terus bertambah, yang tentunya membutuhkan dasar iman Kristen yang kuat agar tidak terpengaruh arus globalisasi. Dengan demikian, diharapkan mereka menjadi pengikut Kristus yang militan, sehingga arah dan tujuan gereja tetap jelas. Di sisi lain, di Indonesia masih banyak suku-suku yang belum terjangkau oleh penginjil.

Perubahan-perubahan yang cepat dalam berbagai bidang kehidupan masyarakat dan ilmu teologi menuntut gereja untuk menyediakan tenaga-tenaga ahli dan profesional, agar para hamba Tuhan yang melayani tidak ketinggalan zaman. Oleh karena itu, pada tahun 1991 didirikan Sekolah Tinggi Theologi Yayasan Apollos (SATYA), yang kemudian pada tahun 1992 berganti nama menjadi Sekolah Tinggi Theologi Apollos (STTA). Dalam perkembangannya, STT Apollos juga menyelenggarakan berbagai program peningkatan mutu pelayanan bagi para hamba Tuhan, pelayan gereja, serta para pemimpin Kristen, baik di Jakarta maupun di daerah. Hal ini diwujudkan melalui penyelenggaraan pendidikan tingkat Strata Satu (S1), yaitu Program Studi Sarjana Teologi dan Sarjana Pendidikan Agama Kristen, serta program Magister (S2), yaitu Magister Teologi dan Magister Pendidikan Agama Kristen yang bercirikan misi.

Untuk peningkatan mutu pendidikan, Sekolah Tinggi Theologi Apollos menjalin kerja sama dengan berbagai lembaga perguruan tinggi, baik lokal maupun internasional. Di tingkat lokal, kerja sama dilakukan dengan perguruan tinggi yang tergabung dalam Persekutuan Antar Sekolah-Sekolah Theologia Injili Indonesia (PASTI), PDPTKI (Persekutuan Dosen dan Perguruan Tinggi Keagamaan Kristen Indonesia), serta BMPTKKI (Badan Musyawarah Perguruan Tinggi Keagamaan Kristen Indonesia), dan juga dengan beberapa perguruan tinggi keagamaan Kristen serta lembaga atau yayasan lainnya, dalam rangka peningkatan kualitas dosen dan kelembagaan.